コミPo! で保存できるコミックファイルにはサイズの限界があります。
一つの作品中に、大きなサイズのユーザー画像をたくさん貼り付けてしまうと、保存や読み込みができなくなる可能性があります。大きなユーザー画像なら30枚くらい、小さな場合でも50枚くらい使用した場合は、念の為、別名で保存・読み込みをしてみてください。(同じ画像でも、2箇所で使用した場合は2回と数えます。)
もしもエラーが出て保存に失敗する場合は、制限を越えてしまっている可能性があるので、使用している画像を何枚か削除してから保存してみてください。
なお、Ver.1.55 以降なら、「ファイル」メニューの「現在のページのみを別名で保存」を使って1ページずつ保存することで、保存できる場合があります。保存できない場合は、こちらも試してみてください。